La máxima casa de estudios del estado de México inicio sus labores en el Instituto Literario en la Ciudad de Toluca, la cual fue testigo de las adversidades a las que se enfrentó el Instituto y el Estado de México en el siglo XIX cuando nació la UAEMéx, como es conocida actualmente.
El Instituto Literario nace como una institución de enseñanza superior del México independiente, inspirada en los ideólogos liberales, republicanos y constitucionalistas y con el fin de formar jóvenes que desempeñaran los cargos públicos y, así, resolver el problema de la inexperiencia en las tareas de gobierno.
Es así como el Instituto Literario inició sus labores el 4 de septiembre de 1827 en Tlalpan que en aquel entonces se llamaba San Agustín de las Cuevas y era la Capital del Estado de México, en una casona que recibía el nombre de la “Casa de las Piedras Miyeras”. Sin embargo, no fue hasta el 16 de febrero de 1828 que el Congreso del Estado de México aprobó El Decreto de Erección del Instituto Literario, el cual entró en vigor el tres de marzo de ese mismo año.
En 1886 El Instituto Literario se transforma en Instituto Científico y Literario. Para 1928 en el marco de su primer centenario, el Instituto presenta el Himno Institucional de la autoría de Horacio Zúñiga y Felipe Mendoza, y se coloca la primera piedra del Monumento a los Maestros, obra del arquitecto Vicente Mendiola y del escultor Ignacio Asúnsolo.
El 15 de enero 1944, El Instituto obtiene oficialmente su autonomía, gracias a la Ley Orgánica del Instituto Científico y Literario Autónomo del Estado de México, aprobada el 31 de diciembre de 1943.
En 1956 entra en vigor la ley que transforma al Instituto en Universidad Autónoma del Estado de México. Se instala el Consejo Universitario y nombra al primer rector y a los directores de las facultades. La UAEMéx inicia actividades con seis escuelas: Preparatoria, Medicina, Jurisprudencia, Comercio, Enfermería y Pedagogía Superior. Su primer rector fue el licenciado Juan Josafat Pichardo. El presidente Adolfo López Mateos en 1964 inaugura la Ciudad Universitaria de Toluca en el cerro de Coatepec.
Al día de hoy, la UAEMéx cuenta con 21 facultades, 10 preparatorias, 11 centros universitarios y seis Unidades Académicas Profesionales distribuidas en todo el Estado de México.
Desde su fundación, el primer Director fue Don José María Alcántara y enseguida Don José de Jesús Villapadierna (1828-1830). En 1830 tras el traslado de los poderes públicos del Estado a la Ciudad de Toluca, el Instituto Literario es clausurado, y es hasta 1833 que Lorenzo de Zavala reabre el Instituto en Toluca y Don José María González Arratia fue nombrado director (1833-1834). El poeta José María Heredia fue el Director que sucedió a González Arratia. (1834-1835).
Para el 5 de octubre de 1835, al entrar en vigor la Constitución de “Las Siete Leyes” se decretó nuevamente la clausura del Instituto Literario. Fue hasta 1846 que las circunstancias políticas habían cambiado al establecerse nuevamente el sistema federal. En 1857 Lic. José María Romero Díaz fungió como director provisional y en 1851 el liberal Felipe Sánchez Solís terminó de construir el “Patio de Estudio”.
En 1848, en la guerra contra los Estados Unidos, los soldados norteamericanos llegaron a Toluca y el edificio del Instituto fue convertido en cuartel debiendo los institutenses buscar refugio en el Rancho “La Virgen”, cercano a Toluca, donde actualmente se encuentra el templo de San José “El Ranchito”. Para 1864 el Director fue José Mariano Dávila Arillaga.
En la década de los 80’s se designó a Manuel María Villada como director. Con la reconstrucción del inmueble, hubo varios cambios de 1887 a 1909, posteriormente hubo más cambios en el Instituto Literario. En 1928 el Director del Instituto fue el Lic. Eduardo Vasconcelos. Adolfo López Mateos (1940-1946). El 26 de marzo de 1956 se reunió por primera vez el Consejo universitario integrado por profesores y alumnos, y designo al Lic. Juan Josafat Pichardo como Primer Rector de la UAEM (1956-1962).
Después de Pichardo, M.C. Mario C. Olivera (1963- 1969), El Dr. Ortiz Garduño, rector de la UAEM entre 1969 y 1973, Ing. Químico Jesús Barrera Legorreta (1973 -1977), Lic. Carlos Mercado Tovar, (1977-1981), Ing. Agustín Gasca Pliego (1981-1984), Jorge Guadarrama López (1985-1989), Efrén Rojas Dávila (1989-1993), Marco Antonio Morales Gómez (1993-1997), Uriel Galicia Hernández (1997-2001), Rafael López Castañares (2001-2005), José Martínez Vilchis (2005-2009), Eduardo Gasca Pliego (2009-2013), Jorge Olvera García (2013-2017), Alfredo Barrera Baca (2017-2021) y el actual rector Carlos Eduardo Barrera Díaz (2021-2025). Rectores que anteceden al actual rector de la máxima casa de estudios y que han servido a la comunidad universitaria durante los años de su administración.